Chapelle "cachée" (du grec ϰρυπτὸς [kruptos]), comme le précise son nom, la crypte est située sous le chur. Elle n'est accessible que lors de visites de groupes.
Arrivant
du chur par un escalier, avant de pénétrer dans la crypte,
on découvre tout d'abord une crucifixion à taille quasi humaine
placée sur le mur. Il s'agit d'une uvre en émail réalisée
en 1970. Elle a été offerte à la cathédrale
par son auteur
Jean
Bétourné,
Maître Émailleur à Limoges. Constituée de trois
pièces, l'artiste y a représenté à gauche du
Crucifié, Marie, sa mère, et à droite Saint Jean, "l'apôtre
que Jésus aimait", le seul à l'avoir suivi jusqu'à
la Croix. Sa présence à l'entrée de la crypte des évêques
rappelle que la mort du Christ, pareille à celle des hommes, va précéder
la Résurrection à laquelle tous sont aussi appelés.
C'est dans cette chapelle que reposeront pour l'éternité les
évêques d'Évry. Pour cela, vingt-quatre tombeaux y ont
été aménagés à la verticale des marches
du chur. La tradition veut, en effet, que les anciens évêques
soient inhumés dans leur cathédrale.
Monseigneur
Malbois,
premier évêque du diocèse, y repose depuis février
2017 ainsi que Monseigneur Herbulot, depuis août
2021. Placés sur les tombeaux des tableaux en émail sont les
uvres de l'artiste limousine
Léa
Sham's.
Ils sont inspirés des devises des évêques :
L'Annonciation
pour Monseigneur Malbois (Viens Seigneur Jésus),
les
Disciples d'Emmaüs
pour Monseigneur Herbulot (Préparez les chemins du Seigneur).
La colonne supportant l'autel prend appui dans la crypte. Elle est le symbole de la communion entre le prêtre qui célèbre dans le chur et les anciens pasteurs du diocèse (tout comme la basilique Saint Pierre de Rome est édifiée sur le tombeau du premier pape). Sur la colonne, face aux tombeaux, est fixée une pierre provenant de l'église Saint Corbinien de Saint Germain lès Arpajon, lieu de naissance du Saint Patron de la cathédrale.
De novembre 2013 à décembre 2018 deux uvres monumentales de Victor Vasarely y étaient exposées.